El Nivel Secundario del Colegio La Santa Unión de los S.S.C.C. cuenta con dos ciclos, uno básico de primer a tercer año con dos divisiones cada uno y un ciclo superior de cuarto a sexto año, con dos modalidades específicas: Ciencias Naturales y Economía y Administración.

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• Ciencias Naturales tiene como objetivo la formación en los diferentes ámbitos disciplinares del conocimiento científico, su divulgación y su impacto en la sociedad en las temáticas ambientales y en las vinculadas con el cuidado de la salud.

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• Economía y Administración genera competencias específicas relacionadas con el ámbito de las ciencias económicas y para la vida laboral, propiciando el conocimiento a través de experiencias en el mundo económico, empresarial y en el mercado laboral.

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El proyecto educativo del nivel, tiene como objetivo la continuidad de los aprendizajes y logros de nuestros alumnos en los niveles anteriores atendiendo a la formación integral de la persona en sus valores cristianos conjugado en la búsqueda de la excelencia académica mediante el desarrollo de diferentes habilidades y capacidades, trabajo colaborativo, pensamiento crítico, resolución de problemas y aprendizaje autónomo, que posibiliten y potencien la continuidad de los estudios terciarios o universitarios, en la búsqueda y formación de ciudadanos comprometidos y competentes, de corazón noble.

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El nivel trata de estimular a los adolescentes a ser creativos, a desarrollar propuestas innovadoras a lo largo de su trayectoria educativa, con una participación activa y comprometida en la sociedad, caminando junto a las familias para la planificación de su proyecto de vida teniendo a Jesús, nuestro Señor, como guía.